Sin embargo, al día siguiente del anuncio el Presidente Allende recibiría la visita del General en Jefe del Ejército don Augusto Pinochet Ugarte quien expondría ante él un elaborado complot en su contra, liderado por altos oficiales del Ejército, la Armada, la Fuerza Aerea e incluso Carabineros de Chile. El conocimiento de esta conspiración terminó por justificar la desición de Allende, y en general es aceptado que solo su decisión de anunciar el plebiscito tempranamente salvó al país de la intervención militar. Tras la reunión, el General Pinochet obtuvo autorización presidencial para realizar el operativo que terminó con la captura de los cabecillas del complot, destacando el Comandante en Jefe de la Fuerza Aerea, General Gustavo Leigh, tristemente célebre por haber cometido suicidio para evitar la captura.
Luego de este operativo, Pinochet pasaría a ser conocido popularmente como «mi general, el salvador de Chile»[4], y por algunos detractores de Allende como «el verdadero Salvador»[5]. Este aumento en popularidad fue lo que finalmente le permitiría en 1974, luego del gobierno provisional de Jose Ignacio Palma, ganar la elección presidencial como candidato independiente, retirado ya de la carrera militar, respaldado por la Unidad Popular y la Democracia Cristiana, inusual alianza que informalmente se demoninó como Concertación de Partidos por Chile.
Sin embargo, luego de resultar electo el Presidente Pinochet condujo su gobierno de manera mucho más cercana a los ideales de la derecha, lo que molestó profundamente a la UP, y que eventualmente causó la ruptura de la Concertación ocasionando el acercamiento de la Democracia Cristiana y el Partido Nacional, formando la coalición que respaldaría a Pinochet durante sus primeros dos periodos de gobierno.
Consultado por los medios sobre la dirección que estaba tomando el gobierno de Pinochet, Salvador Allende comentó «Augusto siempre ha hecho lo que conviene, si a él o al país, solo la historia lo dirá»[6]. Aunque nunca se reconoció oficialmente, es generalmente asumido que ese comentario le costó el puesto de Ministro de Salud que hasta entonces ocupara. Luego de figurar brevemente como uno de los principales opositores a la polémica constitución de 1980, el ex-presidente Allende se retiró definitivamente de la vida política.